Suatu hari, Hotaru Yuyami yang bekerja sebagai penulis buku gambar ini mendapati sesuatu yang mirip dengan jamur berwarna merah mudah di taman. Menariknya, benda yang ia lihat tersebut tiba-tiba bergerak.
Awalnya, ia mengira benda tersebut merupakan tanaman. Namun, ia menyadari bahwa itu merupakan seekor anjing. Hotaru pun memutuskan untuk merawatnya dan kini kehidupan Hotaru Bersama Kinoko Inu telah dimulai.